La storia di Skiathos risale alla preistoria, quando i primi abitanti dell'isola furono i Pelasgi. Persone che avevano le loro radici nel nord e in particolare nella regione della Tracia. I Calcidesi compaiono tra il VII e il VI secolo a.C. Costruirono la loro città a ovest dell'attuale porto, su una collina in modo da poter osservare i movimenti dei nemici.
Nel 478 a.C. Skiathos divenne un membro della prima alleanza ateniese.
Nel 404 a.C. con la fine della guerra del Peloponneso e la sconfitta degli Ateniesi da parte degli Spartani, Skiathos era sotto l'egemonia di Sparta.
Nel 378 a.C. Durante la fondazione della seconda alleanza ateniese, Skiathos divenne nuovamente un alleato di Atene. Durante questo periodo e per circa 40 anni, Skiathos autonomo ha registrato una crescita enorme. Caratteristica della grande comodità finanziaria è che all'epoca aveva una propria moneta di bronzo, nella quale da una parte appariva la testa di Mercurio e dall'altra la parola "CKIATHI". Nel 338 a.C. era sotto il dominio dei macedoni.
Dopo i macedoni, i romani, insieme al loro alleato Attalo, arrivarono sull'isola e saccheggiarono ciò che era rimasto. I romani dopo aver sottomesso nel 146 aC. quasi tutta la Grecia, ha concesso molte libertà a città e isole.
Nel 42 a.C. Antonios ha donato Skiathos agli ateniesi volendo ringraziarli per il loro comportamento amichevole.
Negli anni bizantini, dopo la temporanea occupazione dell'Impero Bizantino da parte dei Franchi nel 1204, questi ultimi cedettero l'isola ai fratelli veneziani Gizi, i quali rimasero sull'isola fino al 1276 quando la flotta dei Bizantini guidò lontano dalle Sporadi settentrionali. I bizantini lasciarono Skiathos definitivamente nel 1453.
Il 1538 fu un anno decisivo per Skiathos. I turchi, dopo sette giorni di assedio, conquistarono l'isola, disperdendo la morte tra uomini armati, donne e bambini. Hanno imposto molte leggi dure. Insieme alla rivolta nazionale del 1821, anche gli abitanti di Skiathos si ribellarono. I turchi, sconfitti, lasciarono l'isola, per riprovare nell'ottobre 1823, facendo sbarcare 200 uomini. Ma poi i greci, guidati da Karatasos, Gatsos e Pereivos, sconfissero gli invasori, dando a Skiathos la sua indipendenza per sempre.
Gli Skiathos tornarono nella loro vecchia città nel 1829. Da qui in poi inizia il glorioso corso dell'isola, senza guerre e disastri, dove il progresso era l'unico concetto degli abitanti.
L'eccezione fu l'incendio dell'isola da parte dei tedeschi nella seconda guerra mondiale.